1. ในกรณีที่บริษัทมีสิทธินำผลขาดทุนประจำปีที่เกิดขึ้นในระหว่างเวลาที่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคล ไปหักออกจากกำไรสุทธิที่เกิดขึ้นภายหลังระยะเวลาที่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคล ซึ่งมีกำหนดเวลาไม่เกินห้าปีนับแต่วันพ้นกำหนดเวลายกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลตามมาตรา 31 วรรคสี่ แห่งพระราชบัญญัติส่งเสริมการลงทุน พ.ศ. 2520 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติส่งเสริมการลงทุน (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2544 นั้น ผลขาดทุนประจำปีดังกล่าวจะต้องเป็นผลขาดทุนที่คำนวณจากรายได้และรายจ่ายของแต่ละโครงการที่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคล หรือเป็นผลขาดทุนที่คำนวณจากรายได้และรายจ่ายของทุกโครงการที่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลและอยู่ในรอบระยะเวลาบัญชีเดียวกัน

2. เมื่อกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนพ้นกำหนดระยะเวลาที่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคล แต่บริษัทยังคงได้รับลดหย่อนภาษีเงินได้นิติบุคคลสำหรับกำไรสุทธิที่ได้จากการลงทุนในอัตราร้อยละห้าสิบของอัตราปกติมีกำหนดเวลาไม่เกินห้าปีนับจากวันที่พ้นกำหนดระยะเวลาที่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลในกรณีเช่นนี้ บริษัทจะต้องนำผลขาดทุนประจำปีของกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนและได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคล ไปหักออกจากกำไรสุทธิของกิจการที่ได้รับลดหย่อนภาษีเงินได้นิติบุคคลดังกล่าว หรือจะต้องนำไปหักออกจากกำไรสุทธิของกิจการที่ไม่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคล อย่างไร

คณะกรรมการฯ ได้พิจารณาและได้มีคำวินิจฉัยในการประชุมครั้งที่ 40/2551 วันที่ 21 พฤศจิกายน 2551 ว่า

1. กรณีบริษัทประกอบกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนและมีโครงการที่ได้รับส่งเสริมการลงทุนในกิจการแต่ละประเภทมากกว่าหนึ่งโครงการ นั้น เนื่องจากมาตรา 31 แห่งพระราชบัญญัติส่งเสริมการลงทุน พ.ศ. 2520 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติส่งเสริมการลงทุน (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2544 เป็นบทบัญญัติซึ่งใช้บังคับกับการคำนวณกำไรสุทธิหรือขาดทุนสุทธิของกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนกรณีจึงต้องคำนวณจากรายได้และรายจ่ายจากกิจการทุกประเภทที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนในรอบระยะเวลาบัญชีเดียวกันตามบทบัญญัติแห่งประมวลรัษฎากร ดังนั้น ในกรณีที่กิจการใดมีโครงการที่ได้รับการส่งเสริมหลายโครงการก็ต้องนำรายได้และรายจ่ายของโครงการนั้นทุกโครงการในรอบระยะเวลาบัญชีเดียวกันมาคำนวณเพื่อให้ได้ยอดกำไรสุทธิหรือขาดทุนสุทธิของกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุน หากปรากฏว่ามีผลขาดทุนสุทธิเกิดขึ้นย่อมถือว่าเป็นผลขาดทุนประจำปีของกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนและบริษัทย่อมมีสิทธินำผลขาดทุนประจำปีดังกล่าวที่เกิดขึ้นในระหว่างเวลาที่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลไปหักออกจากกำไรสุทธิของกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนที่เกิดขึ้นภายหลังระยะเวลาที่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคล โดยมีกำหนดเวลาห้าปีนับแต่วันพ้นกำหนดเวลานั้น โดยจะเลือกหักจากกำไรสุทธิของปีใดปีหนึ่งหรือหลายปีก็ได้ ตามมาตรา 31 วรรคสี่ แห่งพระราชบัญญัติดังกล่าว

2. เมื่อบริษัทคำนวณกำไรสุทธิของกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนตามหลักเกณฑ์ตาม 1. แล้ว และปรากฏว่าบริษัทมีผลขาดทุนประจำปีเกิดขึ้น ต่อมาเมื่อกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนใดพ้นกำหนดระยะเวลาที่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลโดยบริษัทยังได้รับลดหย่อนภาษีเงินได้นิติบุคคลสำหรับกำไรสุทธิที่ได้จากการลงทุนในอัตราร้อยละห้าสิบของอัตราปกติมีกำหนดเวลาไม่เกินห้าปีนับจากวันที่พ้นกำหนดระยะเวลาที่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคล ตามมาตรา 35(1) แห่งพระราชบัญญัติส่งเสริมการลงทุน พ.ศ. 2520 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติส่งเสริมการลงทุน (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2544 แล้ว ในกรณีเช่นนี้ บริษัทก็อาจมีทั้งกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนที่ได้รับลดหย่อนภาษีเงินได้นิติบุคคและกิจการที่ไม่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนซึ่งไม่ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลดังนั้นบริษัทย่อมมีสิทธินำผลขาดทุนประจำปีจากกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนทั้งจำนวนไปหักออกจากกำไรสุทธิของกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนที่ได้รับลดหย่อนภาษีเงินได้นิติบุคคลในอัตราร้อยละห้าสิบของอัตราปกติก่อน ตามมาตรา 31 วรรคสี่ แห่งพระราชบัญญัติส่งเสริมการลงทุนฯ ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติส่งเสริมการลงทุน (ฉบับที่ 3) พ.ศ.2544 และหากยังมีผลขาดทุนประจำปีของกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนที่นำมาหักเหลืออยู่อีก บริษัทจึงมีสิทธินำผลขาดทุนนั้นไปหักออกจากกำไรสุทธิของกิจการที่ไม่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนซึ่งเสียภาษีเงินได้นิติบุคคลในอัตราปกติได้ ตามมาตรา 65 ทวิ (12) แห่งประมวลรัษฎากร